サイバー大学の授業料は、一般的な年額固定制ではなく、1単位22,000円で、履修した科目の単位数に応じて授業料が変動する「単位制」を採用しています。
履修科目は半年ごとに選択し、履修した単位分を1学期（半年）ごとにお支払いいただくので、履修単位数が少ない学期でもムダになる費用が発生しません。
そのため、ご自身の都合や経済状況に合わせて履修する単位数を調整することができます。

履修する単位数に応じて授業料が変動する単位制なので、卒業までにかかる最終的な授業料は「22,000円×124単位」から増えることはありません。そのため、必ずしも定められた卒業年限内で卒業する必要はなく、ご自身の都合に合わせた在籍期間を設定することができます。また、履修計画次第で授業料のお支払い額も調整できるため、経済状況に応じた学費の調整も可能です。

他大学・短大・高等専門学校・専修学校（専門課程）を卒業している（卒業見込み含む）場合、最大60単位が包括認定されます。そのため、卒業までに必要な授業料は、卒業要件の124単位から単位認定された分を差し引いた残りの単位分となり、授業料の負担を軽減することができます。

通学費や施設設備費がかからない分、卒業までにかかる学費は国立大学や他の私立大学と比較してリーズナブルです。そのため、コストパフォーマンス良く学ぶことができます。

本学は、授業料等減免と給付型奨学金の支給が一体となった、国による新たな修学支援制度「高等教育の修学支援新制度」の対象校です。

学習意欲のある成績優秀な学生が、経済的な理由により学習の継続に支障をきたすことなく学業に専念できるように、サイバー大学独自の奨学金制度「サイバー大学 修学支援奨学金」を用意しています。